日本播放的《神奇宝贝》系列动画分为不带小标题的无印篇动画和附带小标题的其他四部动画，后者在设定上基于各自的游戏版本而有所不同，并未按照季度划分。目前正在播放的是《神奇宝贝XY》（ポケットモンスターXY）。

　　系列

　　篇

　　集数

　　神奇宝贝无印篇石英联盟276

　　橘子群岛

　　城都联盟

　　神奇宝贝超世代丰缘联盟192

　　对战开拓区

　　神奇宝贝钻石与珍珠193

　　神奇宝贝超级愿望第一季84

　　第二季24

　　N章14

　　Da！章22

　　动画电影

　　主词条：神奇宝贝剧场版

　　在主系列动画的放送过程中，描述电视动画系列主角特定冒险经历的的神奇宝贝剧场版（剧场版ポケットモンスタ）会上映。截至目前共有17部剧场版和2部特别电视直播短片（第一部“超梦重现风云再起”，常用译名“超梦，我就在这里！”在日本以外的地区采取录像带首映，第二部是“战栗的幻影神奇宝贝”）。每一部剧场版的剧情包括与一只传说中的神奇宝贝的邂逅。剧场版同样被用来宣传将在游戏新作中出现的神奇宝贝。

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　　日文名

　　中文名

　　上映日期

　　1ミュウツーの逆袭超梦的逆袭1998年7月18日

　　2幻のポケモンルギア爆诞梦幻之神奇宝贝洛奇亚爆诞1999年7月17日

　　3结晶塔の帝王ENTEI结晶塔的帝王2000年7月8日

　　4セレビィ时を超えた遭遇雪拉比穿梭时空的相遇2001年7月7日

　　5水の都の护神ラティアスとラティオス水都的守护神拉帝亚斯与拉帝欧斯2002年7月13日

　　6七夜の愿い星ジラーチ七夜的许愿星基拉祈2003年7月19日

　　7裂空の访问者デオキシス裂空的访问者代欧奇希斯2004年7月17日

　　8ミュウと波导の勇者ルカリオ梦幻与波导的勇者路卡利欧2005年7月16日

　　9ポケモンレンジャーと苍海の王子マナフィ神奇宝贝保育家与苍海的王子玛纳霏2006年7月15日

　　10ディアルガVSパルキアVSダークライ决战时空之塔帝牙卢卡VS帕路奇犽VS达克莱伊2007年7月14日

　　11ギラティナと氷空の花束シェイミ骑拉帝纳与冰空的花束洁咪2008年7月19日

　　12アルセウス超克の时空へ阿尔宙斯超克的时空2009年7月18日

　　13幻影の覇者ゾロアーク幻影的霸者索罗亚克2010年7月10日

　　14ビクティニと黒き英雄ゼクロム比克提尼与黑英雄捷克罗姆2011年7月16日

　　ビクティニと白き英雄レシラム比克提尼与白英雄雷希拉姆2011年7月16日

　　15キュレムVS圣剣士ケルディオ酋雷姆VS圣剑士凯路迪欧2012年7月14日

　　16神速のゲノセクトミュウツー覚醒神速的盖诺赛克特超梦觉醒2022年7月13日

　　17破壊の茧とディアンシー破坏之茧与蒂安希2022年7月19日

　　18光轮の超魔神フーパ光轮的超魔神胡巴2022年7月18日

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